L'entretien piscine naturelle est peu contraignant comparé à une piscine classique mais nécessite quelques gestes saisonniers : taille des plantes en automne, nettoyage des feuilles mortes à l'épuisette, et vérification du bon fonctionnement de la pompe de circulation.
Le hivernage bassin biologique consiste à réduire la circulation de l'eau et à laisser les plantes en dormance. La maintenance piscine écolo inclut aussi le contrôle du pH et de la clarté visuelle de l'eau pour détecter tout déséquilibre biologique en début de saison.
